(一)消費者信心
互聯網發展至今，已成為人們生活中不可或缺的一部分。很多人都愿意在網上搜尋他們所需要的信息，收發電子信件。但是，如果讓他們通過網站設計傳遞他們的賬戶信息和信用卡號碼，那又另當別論，許多消費者至今仍對網絡心存疑慮。1999年，美國波士頓咨詢公司曾對不愿使用網絡銀行的客戶進行過一次市場調查，結果顯示，80%的消費者對網絡沒有足夠的信心，其他的一些調查也表明，許多消費者對網絡金融的認識存在著誤解。
(二)網絡安全
從另外一個角度看，消費者對網絡的擔心也不無道理:網絡安全問題始終是網絡銀行面臨的難題。電子形式的金融產品和信息，在網絡上都被轉化成了二進制的數字編碼。1噸黃金的編碼，與1顆石子的編碼雖然在長度上、排列順序上都不同，但編碼的元素都是o，l兩個數字。對于知道編碼技術秘密，又能進人機密數據庫的人來說，“點石成金”輕而易舉。如果不考慮法律后果，其偽造、篡改、復制的成本極低，且真假難辨，這對非法侵人者的確存在巨大誘惑。安全第一網絡銀行(SFNB)開業僅兩個月，就有1萬名黑客企圖非法人侵，而1999年一名俄羅斯數學學生通過互聯網進人了花旗銀行的電腦系統，非法轉存了數百萬的資金。
除了非法侵人以外，網絡銀行可能還會面臨在金融信息傳遞中出現差錯，或者他人盜用客戶的賬戶，或者工作失誤等引起的不必要糾紛和損失。同樣，如果不能登錄上網，或者銀行的服務器出現故障，使緊急的交易無法進行，也會形成損失。
(三)相關法律問題
同傳統銀行相比，網絡銀行有兩個十分突出的特點：一是它傳遞和保存信息(包括契約)采用的是電子化方式；二是它模糊了國與國之間的自然疆界，其業務和客戶隨著互聯網的延伸可達世界的任何角落。從理論上講，國外客戶使用銀行服務的便利幾乎同國內客戶一樣。由于現代的法律體系幾乎全部是基于自然疆界和紙質合約的環境制定設立的，各個國家的法律管轄大部分也都是建立在屬地原則的基礎之上。
(四)業務標準
目前所有提供網絡銀行業務的國家，都面臨著如何選擇業務標準，不至于將來因不能與國際上通行的標準相兼容，而成為一個“孤島”。在大多數國家，這些標準由銀行業建立并控制。但也有一些國家，如英國和瑞士，則由銀行和IT行業共同把持。