一、合法化問題
直到現在，我國網上交易還處于“鋪攤子”的階段。IT背景的證券類網站建設還沒有獲得證券經紀資格，它們與券商建立各種形式的合作關系，只能提供技術或信息方面的維護性服務。這意味著非券商類的證券類網站可能被迫重新洗牌。而券商雖已獲得經紀資格，其在網絡技術方面明顯落后于IT背景的網站。在目前券商主要依賴IT背景網站的情況下，如果上述“擺地攤”的服務形式不能合法化，勢必影響到證券網上交易的推開和健康發展，也制約了網上大券商的出現。 已經開通網上交易的券商來說，普遍存在著運營模式單一、管理機制不善的情況。絕大部分的券商采取了建立下屬網上交易部的方式開展業務，網上交易部往往與傳統的經紀業務分開運行，單獨考核。但是，由于現行法規規定，開戶、資金清算等關鍵步驟必須在營業部進行，而且客戶資源絕大多數集中在營業部手中，獨立運行的網上交易部門往往有力難使。獨立運行的網上交易部門由于缺乏資源，業內鮮見成功之例。
二、網絡安全性
互聯網的安全不僅是證券電子商務所關心的，它更是整個國家的安全問題。在網上進行證券交易的風險無疑要比在營業部大得多，因為用戶在交易過程中如果發生問題，無法得到營業部的直接支援和幫助。網上交易最容易產生安全隱患的是委托交易數據的網上傳輸，經紀公司的交易管理系統及數據庫系統。投資者一般要求能夠進行實時委托交易，因此在交易時間段以及經紀公司開放查詢的時間段里，經紀公司的交易管理系統和數據庫系統將直接連接在互聯網上。如果沒有良好的安全防范機制，系統很容易受到感染破壞或攻擊。即使加密也是有時效性的。比如有人認為閏際通行的SSL協議對信息的傳輸進行加密處理就是安全的，其實未必，特別是像金融證券業這類國家支柱產業的互聯網絡。而網絡證券交易往往涉及巨額資金，此時的資金就是電腦中的數字，容易被改動、丟失。一旦系統遭受外部攻擊造成中斷，或網絡犯罪使信息泄露，就會給投資者造成重大損失，也給投資者巨大的心理壓力。盡管目前網絡商無不把自己的網絡技術吹得天衣無縫，可是黑客連克微軟、雅虎等著名網站，說明最完美的網絡也有可能有漏洞。再加上證券部門內部的黑客鯨吞股民資金、盜賣股票、侵犯權益的案件屢有發生，投資者不能不擔心一旦遭遇黑客可能造成的損失。
三、交易成本
當前在我國進行網上交易，成本高居不下減弱了網上交易的吸引力。費用低廉是網上交易發展最為關鍵的因素之一。從網上交易最為成功的美國來看，1999年2季度美國十大網上經紀券商的平均交易費用已經降至每筆15.75美元，而在傳統方式下則高達250美元。由于我國目前實行的還是固定傭金制，還要加上一筆不菲的上網費用，網上交易的低成本的優勢無法得到充分體現。在我國進行網上交易.投資者首先得進行前期投人。需要有一臺內存符合條件的電腦，再到開戶券商處申請安裝一套網上證券交易軟件，才可以進行網上交易。盡管交易軟件免費一F載，但一臺符合條件的電腦對普通投資者來說，還是一筆不小的費用，同時其后的運行成本沒有降低。中國的上網費用較高，普遍股民如果每天上網看行情和進行交易，上網費加上通訊費，同樣是一筆不菲的開支。如果再考慮到股票交易本身的印花稅、手續費等，一個普通股民還沒有盈利就先得支出幾筆費用，這并不是很多人都承受得起的。
四、線路擁擠抵消便捷優勢
由于目前上網大都采用撥號方式，線路擁擠帶來的不便甚多，網上證券交易難免不受影響。在交易量較大的熱市之中，無論電話委托或網上委托，都可能發生線路阻塞現象，網上行情與信息的發布速度甚至可能比實際行情慢幾分鐘以上，直接影響交易完成的質量?？蛻艨赡芤驗樾星樽枞蝻@示慢，下不了單或下單拿不到想要的價格。我國證券交易就曾多次發生過交易筆數太大導致證券交易所和證券商計算機及通信系統阻塞事件。
五、制約因素尚多
盡管我國的互聯網發展速度之快為世界罕見，網民的數量從1997年的62萬發展到現在的2650多萬僅用了3年多的時間。而且，目前不斷下調的上網資費以及寬帶網絡、無線上網等不斷改善的上網條件更將刺激互聯網用戶持續增加。到目前為止，我國的網上交易客戶數逾230萬，網上委托的客戶開戶數占滬深交易所總開戶數的7.6%。但電腦及網絡知識的普及程度卻制約著網上交易的擴大。電腦和互聯網進入中國普通家庭還有相當長的路要走，同時，網上交易也有賴于一些基礎業務的發展.如信息產業的發展、互聯網服務及商業銀行電子聯行技術的先進程度等，其中券商本身電子網絡的發展，更是重要因素。