中國國土資源經濟研究院是國土資源部直屬事業單位，主要任務是開展國土資源政策法規、戰略規劃、市場配置、資源經濟、環境經濟、產業經濟、技術與經濟標準、節約與綜合利用、礦業權管理等基礎和應用研究，為國土資源管理提供基礎業務支撐和決策咨詢服務。

單位下設辦公室、組織與人事處（含紀委、工會、團委）、科技外事處、財務處、紀檢監察室、離退休工作管理處、文印室、綜合服務中心等管理與服務處室，國土資源規劃所、國土資源產業經濟所、國土資源政策法規研究室、資源資產與市場研究室、環境經濟研究室、資源經濟管理研究室、國土資源預算定額中心、國土資源標準化中心、礦產資源節約與綜合利用技術處、礦業權管理技術處、國土資源部資源環境承載力評價重點實驗室、國土資源信息研究中心、中國地質礦產經濟學會辦公室、《中國國土資源經濟》編輯部等業務處室，掛靠單位有：中國地質礦產經濟學會秘書處、全國國土資源標準化技術委員會秘書處、中國礦業權評估師協會秘書處、國土資源公益行業科研專項管理辦公室、全國國土資源經濟研究高級職稱評審委員會、博士后工作站。